賈壹平依平家...鄭元海
王慶祥興祥黃魯懷成
高明高銘...陳司令
陸劍民·陸劍民...陳建軍
福寵寵福...秦思庭
何苗何苗...梅興
劇情介紹:
海軍某調查船船長季崢，曾是東江基地調查船船長。在壹次執行任務中，發生沈船事故，導致老戰友()的妻子、女工程師高遇難。農民梅德貴(杜旭東)的妻子在分娩時被送到城裏的醫院，她的孩子死了。面對病危的妻子，梅德貴因為陸懷的緣故，帶走了鄭妻子許(王晶飾)托付給他照顧的女兒，卻未能挽救她的生命。當他想歸還孩子時，他找不到許，由於他內心的恐懼，他把孩子帶回了他的農村老家，取名梅(何苗)。魯懷成把船開回來，得知他的妻子犧牲了女兒的損失。不久，季崢被轉移到他的家鄉。三年後，季崢在尋找魯懷成走失女兒的路上收養了壹名孤女鄭秀珠(張勇飾)，不久便死去。十年後，季崢的兒子鄭元海(賈壹平飾)出於父親建立壹支強大海軍的願望，加入了海軍。大學畢業後，他懷著對海軍的崇敬和保衛沿海的遠大誌向，加入了冀東、謝廷群等地方大學畢業的大學生群體。已經升任某基地參謀長的陸淮，加強了這些學員軍官的軍事素質和身體素質，安排他們在海軍陸戰隊大隊接受訓練，並任命曾在海軍陸戰隊工作的295艦飛行員陳建軍(陸劍民)為艦長。是基地司令員陳的兒子(高明)。他作風硬朗，要求嚴格，對學生幹部進行了“魔鬼般”的訓練。強化訓練導致部分學員不堪忍受，雙方產生矛盾。余繼東深感軍營裏的生活與理想有很大差距，不顧鄭元海的勸阻，離開了軍營。從此，幾個走出校門的大學生開始了完全不同的人生軌跡。
鄭元海在訓練中認識了女兵秦思婷(傅沖飾)，兩人成為了好朋友。秦思婷偶遇於繼東，於繼東仰慕秦思婷的美貌並逐漸愛上她，而秦思婷則暗戀鄭元海。
魯懷成發現鄭元海是季崢的兒子，並稱贊他的才華。同時，為了改變鄭元海高傲的性格，在海軍陸戰隊訓練結束時，出人意料地安排他去養豬場餵豬。鄭元海勃然大怒，去找陳建軍理論接他入伍。他被陳建軍訓斥了壹頓，然後去了養豬場。在養豬場，鄭遠海認識了江，壹位學習海軍知識和聲納的優秀士官，並在接受教育。不久，魯懷成派鄭元海去山裏保護演習的通訊線路。在山上，鄭遠海遇到了在農村放羊的女孩梅，並鼓勵她報考軍校。鄭元海在維護線路的時候遇到了小偷。經過智慧和毅力的較量，他終於抓住了小偷，保證了海上演習時的通信安全。
隨著新時代的到來，面對海軍裝備的快速發展，大量高科技新裝備需要高學歷高素質的人來掌握，未來的海上戰爭和維護祖國統壹也需要新裝備盡快形成戰鬥力。面對形勢和壓力，魯懷成和基地黨委提出了人才建設的希望工程，加快了人才培養的進程，把壹批年輕的艦長放到壹線鍛煉，提出了“等裝備，不要裝備”的口號。在魯懷成的安排下，鄭遠海進入了海軍軍官學校的研究生班，而陳建軍也被派到海軍軍官學校的副班學習。海灣戰爭前，鄭元海以其敏銳的洞察力預言美軍必勝，遭到老師們的嘲笑，卻得到了院長的賞識。事實證明鄭元海是正確的。實習船長在海上作業時，因指揮失誤導致訓練船撞上小漁船，鄭元海受到了嚴厲的處分。已成為華迪公司董事長的余繼東找到漁船的主人，並為此支付了重金。魯懷成親自去造船廠找院長做工作，離開了鄭元海。院長培養人才寬大，鄭元海得以留校繼續學業。
陳建軍畢業後被提升為副隊長，鄭元海畢業後成為海員。在同壹艘船上，兩人因理念不同而逐漸產生矛盾，鄭元海最終為自己魯莽的性格付出了代價。在8號海域，也就是所謂的死亡海域，軍艦差點觸礁。幸運的是，陳建軍憑借豐富的經驗避免了這場事故。鄭遠海成熟了，魯懷成頂住壓力，送他去法國留學。謝廷群，大學生，為了個人進步，擅長關系和自我表現。為了討好並結識艦隊副司令員陳，他不惜幫助在壹次海上射擊考核中作弊，後被發現。陳建軍承擔了責任。謝廷群最終成為和陳的秘書，後者後來被提升為艦隊副司令員。
梅德貴告訴了梅杏兒壹個秘密。為了給母親治病，家裏欠了齋藤優子壹家的債，很多年都沒有還清。無奈之下，梅·杏兒答應長大後嫁給齋藤優子。梅杏兒堅決不同意，但柱子被纏住了。梅刻苦學習，終於考上了軍醫大學，並與同班同學秦思庭成了好朋友。為了幫助梅擺脫柱子的糾纏，秦思庭找到了壹直追他的於繼東，於繼東幫梅還錢。不久，秦思庭和梅畢業後雙雙來到東江基地醫院工作。
魯懷成在醫院裏與梅·杏兒擦肩而過，但隱約覺得他和梅·杏兒之間似乎有某種不可分割的情感。鄭遠海留學歸來，幾年後成長為壹名護衛艦艦長。此時，陳建軍已經成為基地裏壹名軍政素質過硬的驅逐艦艦長。但新舊觀念的沖擊最終在兩者中強烈爆發。
壹艘中國制造的現代化新型指揮艦即將列裝。在隊長的選擇上，鄭遠海成了陳建軍最大的競爭對手。在壹次針對潛艇的海上軍事演習中，陳建軍將壹艘侵入我方演習區域的不明潛艇誤認為演習潛艇，並準備下達攻擊命令。如果遭到攻擊，無名潛艇必然會反擊，後果不堪設想。鄭元海及時發現了情況。為避免海上突發事件，鄭元海下令鳴槍示警通知陳建軍，無名潛艇也及時避讓，避免了沖突。然而，出於私心，陳建軍故意隱瞞自己的錯誤，這導致了壹艘無名潛艇的逃脫。鄭元海毅然率艦追擊，誤入8號海域，導致軍艦觸礁受損。上級事故調查組對事故責任進行了調查，決定對鄭元海進行調離工作崗位的處理。在就家庭關系和軍法進行了激烈的思想鬥爭後，魯懷成簽署了這份報告。
面對鄭元海，陳建軍感到內疚。在父親陳的教育下，他終於挺身而出，擔起了保護鄭元海的責任，但他卻轉向了其他工作，回到了地方。謝廷群在處理鄭元海、時，以首長名義幹擾正常調查，被陳以副首長身份送上救生艇。有壹次，謝無意中聽到陳和的壹段聲淚俱下的心裏話，他為自己的行為深深自責，並決心改過自新。
梅杏兒感謝秦思庭的幫助，知道秦思庭深愛著鄭遠海，悄悄離開了。余繼東向秦思婷表白被拒後，愛上了梅杏兒。不久，於繼東公司陷入財務危機，卷入壹起重大文物走私案。鄭秀珠歷經千辛萬苦，終於知道了梅杏兒是魯懷成親生女兒的線索。就在謎底即將揭曉的時候，她遭遇車禍，陷入深度昏迷。
梅德貴病重。為了給養父籌集手術費，梅無奈接受了華帝公司董事長於繼東的巨額資助，卻陷入了壹個巨大的陷阱。知道秦思庭在為鄭元海痛苦的梅杏兒，最終被迫做出了嫁給余繼東的決定。就在冀東催促她報名的時候，下達了演習命令，梅下海當醫護人員。秦思婷把父親留下的錢交給鄭元海，用來支付梅的費用，然後調回來和母親壹起工作。壹直擔任緝私船大隊大隊長的陳建軍揭露了華迪公司的黑幕，於繼東受到了法律的制裁。魯懷成頂住壓力，任命具有雙重教育背景的博士生鄭元海擔任新海軍驅逐艦艦長。鄭遠海不負眾望，在海上打擊國際海盜，追捕驅逐不明國籍潛艇，開辟死亡海道，掌握新型高科技裝備，根據新概念改革訓練方法，參加實戰演練等。，展現了優秀現代軍事指揮員的品質，成長為新壹代年輕海軍艦長的代表。在打擊國際海盜的行動中，姜士官英勇犧牲。
許被診斷為絕癥。為了不拖累兒子鄭元海，又怕女兒無人照顧，她決定陪女兒壹起死，在街上找了個“偏方”陪鄭秀珠喝酒。鄭遠海的母親在海上訓練歸來後去世，但鄭秀珠卻在有毒中藥的作用下奇跡般地蘇醒了。謝廷群和潛艇艦長南在江都愛上了鄭秀珠。謝廷群為了個人目的，用了幾種手段破壞鄭秀珠和南蔣珂的關系。然而，在南嫁給鄭秀珠的那壹天，南所在的潛艇被水下不明物體纏住，無法上浮，危及了船上人員的生命，需要及時救援。危急時刻，謝廷群和南蔣珂同時潛入水中營救潛艇，最終為保護潛艇和南克江、謝廷群而犧牲。魯懷成和他的親生女兒梅·杏兒淚流滿面。中國漁船受到不明國籍船只的威脅。就在漁民們絕望的時候，鄭元海率領壹艘驅逐艦趕到，漁民們含淚高呼祖國萬歲！中國海軍萬歲！
卻說辭了，梅杏兒作陪，送鄭元海引船來見。在鄭元海旗艦的帶領下，特遣隊消失在地平線上，留下了永遠不會消失的軌跡...
電視劇《旗艦》講述了中國海軍新壹代艦長勵誌成長的感人故事。《旗艦》中的主人公鄭元海是壹位充滿活力的新時代海軍軍官。從某種意義上說，這個角色實際上已經被劇本偶像化了，這讓賈壹平有了接演這部劇的沖動。賈壹平說:“我要讓觀眾看到，穿上這身軍裝足夠帥，讓他們都有當兵的欲望。”
和現在流行的軍旅題材電視劇人物對個性的強調壹樣，《旗艦》中的鄭元海也不是傳統意義上的軍人形象。他棱角分明，敢想敢做。賈壹平說，他在表演中並沒有刻意模仿士兵們各種象征性的動作和神態，而是按照自己的想法去詮釋:“鄭元海從壹個熱血懵懂的大學畢業生成長為壹個成熟的旗艦艦長。這個成長過程給了我更多的表現空間。”