腦炎的病因可分為流行性腦炎和散發性腦炎。流行性腦炎有明顯的季節性。日本腦炎在我國較為常見，東北林區有森林腦炎。流行性腦炎是蟲媒病毒腦炎，多發生在夏季蚊子的懷孕期。散發性腦炎可全年散發，無明顯的季節和地域差異，其中以單純皰疹病毒性腦炎最常見。
腦炎的病因主要是由病原菌感染引起的，為傳染性腦炎。比如病毒性腦炎主要是由於人體免疫力下降引起的病毒感染，細菌性腦炎主要是細菌感染引起的，結核性腦炎主要是由於結核桿菌的入侵引起的。自身免疫性腦炎與患者自身免疫系統的疾病有關。不管是什麽類型的腦炎，都要盡早治療。首先要根據病因來治療，另外還要根據患者的癥狀來治療，防止出現並發癥。
壹般來說，腦炎主要是由微生物引起的顱內感染，所以稱為中樞神經系統感染性疾病。壹般來說，腦炎的種類很多，有的是病毒性腦炎，有的是結核性腦膜炎、化膿性腦膜炎、真菌性腦炎。比如常見的病毒性腦炎，就是病毒逆行感染入腦所致。
因此，抗病毒藥物主要用於靜脈滴註治療，常用藥物如更昔洛韋、阿昔洛韋均可，但要註意藥物的不良反應。如果患者出現過敏現象，應及時停藥，選擇其他藥物進行合理治療。像化膿性腦膜炎，主要用抗生素治療。
腦炎的治療腦炎出現後，可以選擇的治療方法如下:抗結核治療。如果是結核桿菌引起的腦炎，壹般需要選擇抗結核藥物進行治療，並遵醫囑同時服藥。而要堅持多喝水，就需要選擇休息，避開人多聚集的環境。外出時盡量戴口罩，因為結核性腦炎是會傳染的。
其次是抗感染治療，細菌感染和病毒感染引起的腦炎，可以選擇抗感染治療。建議使用抗生素，用藥時遵醫囑。把握好合適的用量，註意自我調節。