根據便秘的嚴重程度、病因和類型，便秘患者應采取綜合治療，包括壹般生活治療、藥物治療、生物反饋訓練和手術治療，以恢復正常的排便生理。註意生活療法，加強對患者的教育，采取合理的飲食習慣，如增加膳食纖維含量和飲水加強對結腸的刺激，養成良好的排便習慣，如早晨排便，感覺舒適時及時排便，避免強迫排便，增加活動量。治療時應註意清除直腸遠端過多的糞便；要積極調整心態，這對獲得有效的治療極其重要。
2.藥物療法
(1)容量瀉劑主要包括可溶性纖維素(果膠、車前草、燕麥麩等。)和不溶性纖維(植物纖維、木質素等。).容量性瀉藥因起效慢、副作用小、安全，對妊娠便秘或輕度便秘有較好的療效，但不適用於暫時性便秘的快速瀉藥治療。
(2)潤滑瀉藥能潤滑腸壁，軟化糞便，使糞便易於排出，使用方便，如開塞露、礦物油或液體石蠟。
(3)鹽類瀉藥，如硫酸鎂、鎂乳等，可引起嚴重不良反應，臨床應慎用。
(4)滲透性瀉藥常用藥物有乳果糖、山梨醇、聚乙二醇4000。適用於糞便嵌塞或作為慢性便秘的臨時治療，對於容量性瀉藥療效不佳的便秘患者是較好的選擇。
(5)刺激性瀉藥包括含蒽醌類的植物瀉藥(大黃、鼠李皮、番瀉葉、蘆薈)、酚酞、蓖麻油、二酯等。刺激性瀉藥應僅在容量性瀉藥和鹽類瀉藥無效時使用，且其中部分藥性較強，不宜長期使用。長期應用蒽醌類瀉藥可引起結腸憂郁癥或瀉藥結腸，引起平滑肌萎縮和腸肌間神經叢損傷，但加重便秘，停藥後可逆轉。
(6)動力增強劑莫沙必利和伊托必利可促進胃腸動力，普羅庫比利可選擇性作用於結腸，可根據情況選用。
3.儀器輔助
如果糞便較硬，停滯在肛門附近的直腸內或患者年老體弱，排便動力差或缺乏，可采用結腸水療或清潔灌腸。
4.生物反饋療法
可用於肛門直腸及盆底肌肉功能障礙的便秘患者，遠期療效好。生物反饋療法可以訓練患者在排便時放松盆底肌，協調排便時腹肌和盆底肌的活動。對於排便閾值異常的患者，應重視排便反射的重建，調整排便知覺的訓練。訓練計劃沒有具體規範，訓練強度大，但安全有效。對於盆底功能障礙患者，生物反饋治療應優先於手術治療。
5.認知療法
重度便秘患者往往存在焦慮甚至抑郁等心理因素或障礙。應給予認知治療，幫助患者消除緊張情緒，必要時給予抗抑郁和抗焦慮治療，並請心理醫生協助診治。
6.外科療法
以上治療方法對重度頑固性便秘均無效。如果便秘是結腸傳輸功能障礙，且病情嚴重，可以考慮手術治療，但手術的遠期效果仍有爭議，病例選擇壹定要慎重。在便秘這個龐大的疾病群體中，真正需要手術治療的是極少數。