雌激素和/或孕酮療法。對於青春期性早熟和成年期雌激素過少引起的閉經，應使用雌激素進行治療。用藥原則如下:(1)促進骨骼生長對於青春期幼稚患者，當身高未達到預期身高時，應開始小劑量治療，如17β-雌二醇或戊酸雌二醇，或聯合雌激素；高度達到預期高度後，可以加大劑量。(2)為促進性征的進壹步發育，成年低雌激素性閉經患者應首先使用17β-雌二醇或戊酸雌二醇，或聯合雌激素促進和維持全身健康和性征發育。子宮發育後，應根據子宮內膜增生程度定期加用黃體酮或采用雌孕激素序貫周期療法。建議在青春期女性的定期治療中使用天然或接近天然的孕激素，如去氫孕酮和微粉化孕酮，有利於生殖軸功能的恢復。有雄激素過多跡象的患者可以使用含有抗雄激素作用的孕激素配方；對於內源性雌激素達到壹定水平的閉經患者，應定期使用黃體酮，使子宮內膜有規律地脫落。
病理和生理疾病的內分泌治療。根據閉經的病因、病理和生理機制，采用針對性的內分泌藥物來糾正體內激素水平，從而達到治療的目的。比如CAH患者要長期使用糖皮質激素治療；有明顯雄激素過多跡象的PCOS患者可以用口服避孕藥結合雌激素和黃體酮進行治療。對於胰島素抵抗的PCOS患者，可以使用胰島素增敏劑進行治療。上述治療可使部分患者恢復月經和排卵。
誘導排卵。對於低Gn閉經患者，在使用雌激素治療促進生殖器官發育，且子宮內膜對雌激素和孕激素已有反應後，可使用烏洛托品(hMG)聯合人絨毛膜促性腺激素(hCG)促進卵泡發育，誘導排卵。因為可能導致卵巢過度刺激綜合征(OHSS)，所以有經驗的醫生有必要在b超和激素水平監測的情況下使用Gn誘導排卵。對於FSH和PRL水平正常的閉經患者，由於患者體內存在壹定水平的內源性雌激素，克羅米芬可作為促排卵藥物的首選。對於FSH水平升高的閉經患者，由於卵巢功能衰竭，不建議使用促排卵藥物。
輔助生育治療。對於有生育要求、促排卵後妊娠不成功、或輸卵管有問題、或男性不育的閉經患者，可采用輔助生殖技術進行治療。