(1)高溫封閉棚法
利用太陽的能量烘烤棚子是壹種很好的土壤消毒方法。夏季高溫季節，保護地栽培換茬時，封閉大棚，在土壤表面撒碎稭稈(每667平方米700-1000公斤)和生石灰(每667平方米500公斤)，土壤深耕30厘米，使稭稈、石灰和土壤混合均勻，然後在大壟上灌水。並保持水層，蓋緊大棚，封棚15 ~ 20天。石灰遇水放熱，使稭稈腐爛放熱，加上夏季天氣炎熱，溫室保溫。棚內地面溫度白天可達55 ~ 60℃，25 cm深的土層溫度全天在50℃左右，半個月左右即可對土壤進行消毒除鹽。也可以單獨使用灌溉棚或生石灰棚，但效果比這種方法差。
(2)土壤施用生物細菌有機肥的方法
仔細噴灑500 ~ 1000克生物菌(土壤生物菌劑，或奇多，或生物多效菌，或酵素菌等。)每667平米(註意！噴灑後1周內不能噴灑殺菌劑)，或土壤施生物菌發酵的有機肥。通過上述方法施入土壤中的大量有益菌，可以抑制和殺滅土壤中的各種有害微生物，防止土傳病害的發生。
(3)福爾馬林消毒法
翻耕土壤後，每平方米土地用50毫升福爾馬林，加水10 ~ 12公斤，或每平方米噴灑0.15公斤福爾馬林溶液100次，然後用塑料薄膜蓋緊。7 ~ 10天後揭膜，翻土1 ~ 2次，使藥液揮發，3 ~ 5天即可栽培作物。
(4)藥用土的滅菌方法
每平方米使用50%多菌靈可濕性粉劑2g，50%甲基硫菌靈可濕性粉劑8g，或40%五氯硝基苯8g，加水2-3kg，細土5-6kg，可有效防治各種真菌病害。
(5)噴灑或澆水法
用噴霧器將96%惡黴靈3000倍藥液噴灑在土壤表面或直接灌入土中，使藥液滲入土壤深層，殺滅土壤中的病菌，預防苗期病害，效果顯著。
(6)蒸汽熱力消毒
用蒸汽鍋爐加熱，通過導管將蒸汽熱能送到土壤中，提高土壤溫度，殺滅病原菌，從而達到防治土傳病害的目的。這種消毒方法需要復雜的設備，並且只適用於經濟價值高的作物，並且在苗床上的小面積中應用。
此外，對於小塊地或苗床，還可以將配制好的培養土放在幹凈的水泥地面、木板或鐵皮上，薄薄地鋪壹層，在陽光下暴曬10 ~ 15天，不僅能殺死大量的病原菌和地下害蟲，而且有很好的消毒效果。