治療中，要切斷與開放性肺結核患者的接觸，嚴格臥床，營養豐富，精心護理眼睛、黏膜、皮膚，防止褥瘡，昏迷患者采用鼻飼。
可以用抗結核藥鏈黴素，每天肌註1次，總療程3個月。常用的藥物是異煙肼，壹次服用，療程1~1.5年。利福平，療程6~9個月，必要時1年。吡嗪酰胺口服3-6個月。Ethiopisoniazid，療程6個月。目前治療常用鏈脲佐菌素、異煙肼、利福平、吡嗪酰胺，其中異煙肼為主藥，整個療程為1~1.5年，或腦脊液正常後至少半年。
在腦結合部的極端階段，可應用激素、側腦室引流、降低顱內壓、預防並發癥，並應采取對癥治療和中藥治療。
治療2年後臨床癥狀消失、腦脊液正常、無復發者可視為治愈，但該病在治療後4年內易復發，應繼續觀察治療5年。
本病與化膿性腦膜炎、病毒性腦炎、新型隱球菌腦膜腦炎、腦膿腫、腦腫瘤等癥狀相似，應加以鑒別。常見的並發癥有腦積水、腦實質損傷、腦出血和顱神經障礙。後遺癥是常見的斜視、面癱、肢體癱瘓、失明、智力低下、癲癇。
預後效果與年齡、病程、治療時間、腦積水、耐藥性和治療方法有關。治愈後復發率為5%~10%，復發患者療效不如首次治療。隨訪患者要檢查腦電圖，如果腦電圖正常，智力正常。