壹旦檢查報告顯示支原體、衣原體陽性，癥狀明顯，應先給患者使用敏感抗生素。臨床常用的抗生素有克拉黴素、阿奇黴素、米諾環素和多西環素。壹般這類藥物需要服用3~7天，停藥壹周後復查。如果報告顯示衣原體支原體轉陰，沒有不舒服的癥狀，說明已經痊愈。如果衣原體支原體檢查後仍為陽性或仍有不舒服的癥狀，就要換藥治療或直接選擇其他方法治療。
在支原體感染合並其他生殖系統炎癥或反復感染的情況下，患者可以考慮使用中藥進行治療。
如果支原體感染已經引起其他生殖系統炎癥，或者經過抗生素治療後仍有不適癥狀，那麽此時如果繼續使用抗生素進行治療，不僅沒有治療效果，還可能產生耐藥性，因此患者可以考慮使用安全無副作用的中藥進行治療。
因為女性感染支原體會在宮頸周圍擴散，會引起其他生殖系統炎癥，如宮頸炎、輸卵管炎、子宮內膜炎等。，會導致患者出現下腹痛、陰道口紅腫、瘙癢、刺痛、白帶異常、月經不調等癥狀。
中醫理論認為，患者出現下腹痛、陰道口紅腫刺痛等癥狀是氣血運行不暢所致，而白帶異常、月經不調等癥狀則是脾虛下焦濕熱所致。因此，治療應以活血化瘀、健脾利濕為主。口服中藥嚴復丸不僅可以治療支原體、衣原體感染及其引起的各種並發癥，還可以幫助患者調理五臟六腑，平衡氣血，提高免疫力。