腦栓塞的治療應包括兩部分:原發病的治療，即栓子引起的器官病變和腦栓塞的治療。腦栓塞的治療主要在於改善腦循環，減輕缺血缺氧引起的腦損傷。各種治療措施基本和腦梗塞壹樣。因為腦栓塞容易發生梗死後出血，抗凝治療壹定要慎重。這是介紹治療時必須註意的問題。
1.壹般處理
(1)腦栓塞患者壹般病情較重，應臥床休息，盡量少搬動患者。如果患者情緒激動，可使用鎮靜藥物，但劑量不宜過大，以免影響對意識水平的觀察。如果沒有抑制呼吸的阿片類藥物，當顱內壓升高時，呼吸會突然停止。
(2)保持呼吸道通暢和心臟功能:及時清除患者口腔和鼻腔內的粘液和嘔吐物。如發現患者通氣功能不佳或氧分壓降低，應及時插入氣管插管加壓給氧，或考慮氣管切開和人工輔助呼吸器。因為大部分栓子來自心臟，所以要特別註意心臟狀況，維持正常的心臟功能，最好能監測心電圖，排除心律異常引起的血液循環障礙，也便於及時發現心律變化。
(3)註意營養狀況，保持水電解質平衡:由於腦栓塞起病急，病情重，早期常出現意識障礙，嘔吐頻繁，可臨時禁食48小時，以免發生吸入性肺炎。72小時後，如患者仍不清醒，可采用鼻飼飲食，以牛奶、豆漿等流質食物為主，每天進液總量約2000ml。如有心臟病，液體量可限制在1500ml。
(4)加強護理，預防肺炎、尿路感染、褥瘡等並發癥。
2.脫水降低顱內壓是治療腦栓塞的主要措施之壹，旨在減輕腦水腫，防止腦疝形成，降低死亡率。常用的有高滲脫水劑、利尿劑和腎上腺皮質激素。高滲脫水劑為20%甘露醇，壹般采用快速靜脈滴註125 ~ 250 ml。根據病情可每6 ~ 8小時給1次。反跳現象輕微，顱內壓可降低46% ~ 55%。缺點是可以增加血量。如果是心源性腦栓塞，特別是伴有心功能不全，容易增加心臟負擔，從而加重病情。這類患者可合理選擇利尿劑如呋塞米(furosemide)或利尿劑鈉等。，也常用於降低顱內壓，尤其是心力衰竭患者，效果良好。副作用是容易引起電解質紊亂，要糾正。如無禁忌癥，也可選用激素類藥物，如地塞米松10 ~ 20 mg，加液體靜脈滴註。
3.血管擴張劑有些作者主張使用療效確切、作用迅速的藥物。對適應癥的控制應比動脈粥樣硬化性腦梗死更嚴格。如有意識障礙、顱內壓增高或腦脊液有紅細胞，則為禁忌。病程已超過24小時或心功能不全，不宜使用。常用的有罌粟堿、煙酸、碳酸氫鈉或山莨菪堿(654-2)靜脈滴註、間斷吸入二氧化碳氣體和口服桂利嗪(腦益嗪)、二氫麥角毒堿(黑特勤)或桂利嗪(肉桂哌嗪)，促進側支循環，增加缺血區局部血容量。
但也有作者認為，在急性期，乳酸、二氧化碳等代謝產物在病變部位積聚，引起局部組織酸中毒，導致局部血管舒張，即過度灌註綜合征。如果此時使用腦血管擴張劑，病竈遠端的血管會擴張，反之，病竈內的血流會減少，從而引起盜腦綜合征。因此，壹般不提倡使用腦血管擴張劑。如果要用，要盡早使用，24小時後不能再用，以免出現盜腦綜合癥。
4.抗血小板聚集劑可以阻止血小板的聚集，有助於防止心臟新血栓的形成，防止血管內血栓繼續增殖和擴張。因此，腦栓塞發病後，需要註意抗血小板聚集藥物的使用。通常可以選擇阿司匹林、雙嘧達莫(雙嘧達莫)、舒必隆(芐嘧磺隆)。阿司匹林在體內可以抑制血小板的多種功能，包括二磷酸腺苷的釋放反應、血小板自發聚集和血小板中前列腺素G2的合成。劑量為50 ~ 75 mg，1次/d，飯後服用。服用時應觀察胃腸道反應，有潰瘍者禁用。女性患者服用這種藥效果不好。右旋糖酐40(低分子右旋糖酐)可抑制血小板聚集，降低血液粘度，改善微循環，但高分子化合物可增加血容量，因此心臟病或腎病患者應減半使用，以免心力衰竭。
5.抗凝和溶栓治療抗凝和溶栓治療的應用比動脈粥樣硬化性腦梗死的適應癥更嚴格。考慮到溶栓劑易出血的並發癥，應特別謹慎使用。由於心源性腦栓塞在臨床上最為常見，為了防止心臟內形成新的血栓以消除栓子來源，防止腦血管內的栓子或母體血栓繼續增加，從而避免腦梗死的擴大，常采用抗凝治療。對於慢性風濕性心臟病、房顫患者，長期使用有助於防止腦栓塞復發，有預防心臟手術並發腦栓塞的作用。有些人主張只在短時間內使用，通常是6個月或更短。禁忌由炎性疾病引起的腦栓塞，如亞急性感染性心內膜炎。
通常在嚴格觀察凝血時間、凝血酶原活性和時間的條件下，先給予肝素鈣(低分子肝素)，或選用新的雙比林，並隨時調整劑量。
6.頸星狀交感神經節閉合術有專家提出，頸星狀交感神經節閉合術可以緩解腦栓塞的癥狀。操作簡單，不需要特殊的儀器和藥物，所以經常使用。但治療要趁早，越早開始，療效越好。臨床上常見的是發病24小時內阻斷，可以明顯改善。壹般1次/d，大約10次就是1個療程。其治療機制是阻斷頸星狀交感神經的節後纖維，使腦血管擴張以解除梗死竈周圍的血管痙攣，也可促使栓子向小血管移動，縮小腦梗死範圍。對沒有動脈硬化的年輕患者有很好的療效。
封閉頸部星狀交感神經節的方法是，患者仰臥，在頸背下墊壹個小枕頭，使頸部過伸，穿刺點位於距鎖骨2指的患側胸鎖乳突肌內緣。皮膚用碘酊、酒精消毒，用破洞巾覆蓋，用0.5%普魯卡因麻醉，局部皮下浸潤。左手食指和中指分開，將胸鎖乳突肌及其下的頸動脈向外牽拉，右手持22號針垂直穿刺。針尖觸及橫突時，針後退壹點，約1cm，然後慢慢向內向後刺入，到達脊柱第六頸椎外側；抽吸稍向後，無血液、腦脊液及氣體，可緩慢註入0.5% ~ 1%普魯卡因10 ~ 20 ml，閉合成功。同側霍納綜合征可在10 ~ 15分鐘內發生。
平時要註意普魯卡因皮試，排除過敏，穿刺部位不能太低，防止穿刺到脊髓蛛網膜下腔、頸部或椎動脈、頸靜脈、肺尖等。嚴重肺氣腫禁用，如果患者已經開始抗凝治療，也不應使用。
7.神經保護性缺血早期，神經元膜內離子轉運停止，神經元去極化，鈣離子內流導致興奮性氨基酸增加，加劇鈣離子內流和神經元去極化，導致細胞結構破壞。
(1)鈣通道阻滯劑:尼莫地平，20 ~ 40 mg，每日3次；尼莫地平(尼莫通)，30g，3次/d；桂利嗪(腦益嗪)，25mg，3次/d等。低血壓和顱內高壓患者慎用。
(2)興奮性氨基酸受體拮抗劑:如鎂離子鹽。
(3)自由基清除劑:維生素E、甘露醇、銅鋅超氧化物歧化酶、錳超氧化物歧化酶等。
(4)神經營養因子:如神經營養因子(NTF)、NGF轉化生長因子(TGFS)。
(5)神經節苷脂:主要是單唾液酸四己糖神經節苷脂(GM1)等。
8.急性期的亞低溫治療，如果條件允許，可以考慮在早期給予亞低溫治療。亞低溫對缺血性腦損傷也是積極的，不僅減輕了梗死後的病理損害程度，而且促進了神經功能的恢復，無嚴重並發癥。盡量在發病6小時內給藥。
9.康復治療應在早期開始。病情穩定後，積極開展康復知識和壹般訓練方法的教育，鼓勵患者樹立恢復自理的信心，配合醫療和康復工作，爭取早日康復，輔以針灸、按摩、理療等。，以降低致殘率，提高生活質量。尤其是吃飯、洗臉、梳頭、穿衣、刷牙、寫字等日常生活訓練。同時，讓患者和家屬了解康復知識，恢復耐心、信心和毅力，有利於康復。
10.其他治療
(1)調整血壓:更強調將血壓降至病前基礎血壓水平，不能過低。高血壓腦病也要註意這壹點。常用25%硫酸鎂10ml，靜脈滴註，或其他輕度降壓藥。
(2)腦代謝激活劑:廣泛用於急性腦血管病患者，如腦蛋白水解物、胞二磷膽堿(胞二磷膽堿)、三磷酸腺苷(三磷酸腺苷)、輔酶a等。
(3)抗感染治療:對於亞急性感染性心內膜炎、敗血癥等感染引起的腦栓塞，必須根據可能的病原體，使用足量有效且敏感的抗生素。最好根據藥敏試驗選擇合適的抗感染藥物。
(4)治療氣體栓塞時，患者應頭朝下，左側臥。如果他們患有減壓病，應盡快進行高壓氧治療，以減少氣體栓塞，增加大腦中的氧含量。氣體栓塞常引起癲癇發作，因此應密切觀察並使用抗癲癇藥物治療。脂肪栓塞可以通過靜脈滴註擴張劑和血管擴張劑來治療。
(2)預後
腦栓塞的預後取決於栓塞的大小、位置、數量和原發病的嚴重程度。急性腦栓塞死亡率為5% ~ 15%，多死於嚴重腦水腫、腦疝、肺部感染和心力衰竭。心肌梗死引起的腦栓塞預後較差，存活的腦栓塞患者大多留下嚴重後遺癥。如果不能消除栓子來源，10% ~ 20%的腦栓塞患者可能在病後10天內復發，復發腦栓塞死亡率高於首次作者，預後不佳。