1.壹般療法
包括高纖維飲食和適當增加體力活動，對改善腸道功能，促進排便通暢有壹定作用。
2.藥物療法
服用瀉藥、灌腸、水療也能緩解癥狀，但對重度頑固性出口梗阻型便秘的治療效果有限。肛門局部用藥需要進壹步觀察和研究。肉毒毒素局部註射療法和栓劑肛塞療法在國內外報道中均有提及，對該病有壹定療效。
3.生物反饋療法
生物反饋主要用於治療排便時肛門括約肌不協調、盆底肌和肛門外括約肌矛盾性收縮引起的功能性出口梗阻性便秘。經過正規的生物反饋治療，有效率可達70%以上。
4.外科療法
(1)直腸前突患者大多數輕度直腸前突患者應采用非手術治療，因為手術難以保證遠期效果，僅矯正直腸前突並不能解決所有問題。對於直腸前突的手術治療，傳統的手術主要是經肛門或陰道修補術。雖然臨床上已經創造了許多治療直腸前突的手術方法，但仍缺乏理想的治療方法。經直腸修補術不適合中重度直腸前突，術後易復發。經陰道修補術創傷大，恢復慢，術後易因感染、出血等並發癥而失敗，且不能同時解決直腸黏膜松弛、脫垂等問題。
(2)直腸黏膜脫垂患者常選擇以下治療方法:經肛門直腸遠端黏膜縫合硬化、橡膠圈結紮、經腹直腸固定、直腸脫垂手術。
此外，吻合器痔上黏膜環切術(PPH)也用於治療直腸前突和直腸黏膜脫垂。
在出口梗阻的外科治療中，有時並不局限於單壹術式的選擇，而應根據患者的實際情況進行綜合治療。