術中壹定要仔細探查是否有其他先天性畸形，如腸旋轉不良、環狀胰腺等。應在閉鎖遠端註入生理鹽水使其擴張，並依次檢查所有小腸是否有多發性閉鎖和狹窄。根據畸形情況選擇手術方式，解除膈肌閉鎖，小心防止損傷膽總管入口。如果十二指腸的近端和遠端相當接近，或者同時存在環狀胰腺，可以進行十二指腸吻合術。十二指腸遠端閉鎖和狹窄可選擇十二指腸空腸吻合術，但術後可出現盲端綜合征。還可以采用十二指腸的切斷法，通過切斷法對擴張的腸管進行整形和吻合，可以早期恢復十二指腸的有效蠕動，提前進食日期，減少並發癥。
有人主張胃造口術可以保證胃排空，防止誤吸，胃管可以通過吻合口進入空腸，盡早進食。也可在空腸放置導管，術後立即輸註營養液，促進康復。
十二指腸閉鎖的治療相當困難，療效仍不理想。死亡率在50%左右。預後與確診時間、畸形程度、多發性閉鎖、嚴重合並畸形、早產或低出生體重兒等因素有關。