肝囊腫的治療應取決於其大小、性質和並發癥。直徑5cm且有壓迫癥狀的患者，可在超聲引導下穿刺抽液，緩解壓迫癥狀。但抽完液不久囊腫又會增大，需要反復抽液。這種方法簡單，不需要開腹，對於不能耐受手術的巨大肝囊腫患者仍是壹種可行的治療方法。囊腫感染時應行外引流。當出現並發癥，如囊腫破裂、蒂扭轉、囊內出血或鄰近器官巨大壓迫等影響進食者，需要手術治療時，應盡可能完整切除囊腫。如果不能，應進行次全切除或至少1/3囊壁，將囊液引流入腹腔。如果膽汁進入囊腔，後壹種手術不適用，可采用囊腫-空腸吻合術。術中應進行血管造影，以確定是否有溝通。如果囊腫是多房性的，在引流前應盡可能去除其分隔。囊壁病理檢查要慎重，排除惡變。