消化不良的特殊氣味常出現在口腔中，與消化功能密切相關；還有其他系統的慢性病，比如嚴重的肝衰竭，尿毒癥，也會有肝臭味或者尿臭味。糖尿病酮癥有壹股爛蘋果味，還有很特別的口臭。
飲食上可以減少大蒜、韭菜、臭豆腐等氣味強烈的食物，可以緩解此類食物引起的暫時性口臭。長期抽煙喝酒容易在口中留下味道，所以要減少煙酒的刺激，避免滋生口臭，還可以通過嚼茶葉、甘草、檸檬片、口香糖等幫助清新口氣，緩解口臭。
胃腸疾病也會引起口臭，如消化不良或腸梗阻，食物堆積不能順利消化，腐敗後會產生臭味，可出現食欲不振、腹脹、腹痛、排便次數減少甚至嘔吐等癥狀。原發病需要治療，可以在醫生指導下服用益生菌等藥物緩解消化不良。腸梗阻患者需要禁食水，給胃腸道減壓，是否需要手術取決於醫生的診斷。