瘧疾治療不僅是為了減輕患者的痛苦，也是為了控制傳染源，防止傳播。對現有疾病患者要及時發現，及時治愈。間日瘧原蟲瘧疾用氯喹和伯氨喹治療。惡性瘧原蟲可以單獨服用氯喹。對於間日瘧患者，伯氨喹可用作抗復發治療。在惡性瘧對氯喹耐藥的地區(如海南省、雲南省)，宜采用幾種抗瘧藥聯合治療方案，如氯喹、咯萘啶、磺胺多辛、乙胺嘧啶聯合治療。
抗瘧藥有很多種。根據它們對瘧原蟲生活史測試和收集的不同影響，主要有以下幾類:
1)具有殺滅紅細胞外裂殖子和休眠的抗復發作用，如伯氨喹，又稱根治藥。乙胺嘧啶對惡性瘧原蟲紅外期有壹定作用。
2)殺死紅細胞內體的增殖期，如氯喹、奎寧、咯萘啶、喹哌、青蒿、蒿甲醚等。，控制臨床發作。
3)殺死配子體，如伯氨喹，切斷傳播。
4)孢子增殖期，如乙胺嘧啶能抑制蚊子體內孢子的增殖和發育。
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