70% ~ 80%的上呼吸道感染是由病毒引起的。包括鼻病毒、冠狀病毒、腺病毒、流感和副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯薩奇病毒等。另有20% ~ 30%的感染是由細菌引起的。細菌感染可直接感染或繼發於病毒感染，以溶血性鏈球菌最常見，其次為流感嗜血桿菌、肺炎球菌、葡萄球菌等。，甚至是革蘭氏陰性菌。
導致全身或呼吸道局部防禦功能下降的各種原因，如受涼、淋雨、氣候突變、過度疲勞等，可使上呼吸道中已有的或從外界侵入的病毒或細菌迅速繁殖，從而誘發疾病。身體虛弱、免疫力低下或患有慢性呼吸道疾病的患者易受影響。