β受體阻滯劑是梗阻性肥厚型心肌病的壹線治療藥物，可改善心室舒張，增加心室舒張充盈時間，減少室性和室上性心動過速，如美托洛爾、比索洛爾等。
鈣通道拮抗劑可減弱心臟的心肌收縮，壹般選用地爾硫卓。、維拉帕米等。對於心力衰竭的治療，主要選擇貝那普利、厄貝沙坦和螺內酯。
肥厚型心肌病可引起房顫，胺碘酮等藥物可減少陣發性房顫的發作。非藥物治療主要是手術治療。對於藥物治療無效、心功能不全、流出道梗阻嚴重的患者，需行室間隔切除術或酒精室間隔消融術。