1.局部用藥:肛裂患者可在排便後或夜間睡前用溫熱的高錳酸鉀坐浴，然後局部塗抹非甾體抗炎藥，如雙氯芬酸乳膏或布洛芬乳膏。為了促進裂口愈合，患者還可以塗抹痔瘡膏和重組人表皮生長因子。另外也可以用硝酸甘油軟膏，必要時需要註射小劑量的肉毒素。
2.全身用藥:肛裂患者要註意保持大便通暢。如果他們出現排便困難的癥狀，需要及時服用具有通便作用的藥物。壹般可以選擇乳果糖、酚酞片等藥物。
二、肛裂用中藥治療
1.外治:肛裂患者清潔肛門後，可塗抹生肌玉紅膏。如果是慢性肛裂，也可以將七散丹塗於裂處，緩解後再改用生肌玉紅膏。
2.內治:血熱腸燥證:中醫辨證治療能有效改善肛裂癥狀。如果屬於血熱腸燥型，患者可以選擇增液承氣湯加減。具體使用的中草藥有玄參、麥冬、連翹、延胡索、火麻仁、瓜蔞、生地、地榆、槐米、蒲黃炭、金銀花。陰虛津虧證:若患者有陰虛津虧癥狀，可水煎服壹貫煎或潤腸湯。這種藥方的主要成分是生地、沙參、桃仁、麥冬、遠誌、瓜蔞、枸杞子、竹葉、當歸和火麻仁。氣滯血瘀證:氣滯血瘀常可導致肛裂。這時，劉墨湯就可以加味了。可用的中草藥有檳榔、大黃、枳殼、蒲公英、紅花、沈香、木香、烏藥、桃仁、赤芍、芒硝。