合理密植，增加田間透光率；及時清理農村，清除老葉、病株，集中掩埋或焚燒；收獲後的菜地及時翻耕、暴曬；在主要作物周圍種植南美斑潛蠅喜食的作物，可以起到集中誘捕的作用，從而減少對主要作物的危害。
物理預防和控制
根據美洲斑潛蠅呈黃色的特點，用黃色粘紙誘殺成蠅。在每壹代成蠅開始時，每畝田間懸掛20張尺寸為20cm× 15cm的黃色捕蟲粘紙，黃色捕蟲粘紙的底部略高於作物頂部。粘紙粘滿害蟲時，要及時更換。
化學防治
防治該蟲的適期在幼體盛期，應選用高效、低毒、低殘留的農藥:可噴灑2.5%蔡溪SC l000倍液、5%氟蟲脲EC 1500倍液或48%萊斯本EC l500倍液。最佳噴灑時間為早上7 ~ 11，壹定要均勻噴灑在菜葉的正反兩面，直到有滴水為止。嚴重田塊每隔7 ~ 10天噴1次，共噴2 ~ 3次。建議輪流使用化學藥劑防治美洲斑潛蠅，防止產生抗藥性。噴灑3 ~ 5天後才能采收，保證食用安全。