中醫認為花椒能祛內寒，增強身體抵抗力和陽氣，改善先天或後天寒涼的體質，如手腳冰涼。花椒在中醫中有活血通絡的作用。配合熱水，加強人體血液循環，更有利於睡眠和狀態調節。花椒熱水泡腳還能提高人體免疫力，溫中止痛，祛濕散寒。花椒熱水泡腳還能提高人體免疫力，溫中止痛，祛濕散寒。用辣椒水泡腳可以促進血液循環，疏通經絡，從而疏通全身血管。
此外，花椒還是天然的消毒劑，用花椒水泡腳有助於治療腳氣。將50克花椒用棉布包好，用繩子綁住，加水煮沸，用清水泡腳。花椒包可以重復使用，壹周後可以更換。總的來說，花椒具有殺菌、消毒、止痛的作用。
花椒有消腫的作用，對腎虛引起的腿腳腫脹有很好的消腫效果。花椒足浴有溫補止痛的作用；除濕止瀉；殺蟲止癢劑。脾胃虛弱、腹痛、腹寒、蛔蟲腹痛、吐瀉、肺寒、咳喘、齲齒、牙痛。
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現代研究也表明，花椒具有殺菌、消毒、鎮痛、止癢、消腫的作用，對各種細菌特別是皮膚表面的細菌有很好的抑制作用。因此常被用於治療皮膚病，如濕疹、皮膚瘙癢、神經性皮炎、腳氣、外陰瘙癢等。