治療可口服甲硝唑2g，1次，或甲硝唑500mg，每日2次，連服7天。以上兩種治療的治愈率為95%。對甲硝唑敏感性低的陰道毛滴蟲菌株，加大劑量仍有效。當上述方案失敗時，應口服甲硝唑500 mg，每日2次，連續7天。如仍無效，應給予甲硝唑2 g，每日2次，連用3~5天。目前除甲硝唑外，其他替代療法均無效。妊娠前三個月禁用甲硝唑，妊娠第三個月後可口服甲硝唑2克1次。