肺部真菌感染需要抗真菌藥物。如果患者病情非常嚴重，醫生會選擇甲硝唑，甲硝唑可以起到抗菌的作用，促進人體盡快恢復。如果人體感染了其他類型的病原體，醫生會選擇性地給患者和朋友使用其他類型的抗生素，包括大環內酯類、莫西沙星和氧氟沙星。綜合用藥可以緩解癥狀，很多患者朋友都在接受治療。
此外，肺部黴菌感染患者還應檢測是否感染其他病原體，如肺炎鏈球菌，並根據情況添加其他病原體敏感藥物。反復治療無效的肺部真菌感染患者，也可以考慮手術切除病竈。