主要目的是穿刺後向囊內註入1%利多卡因和7mg得寶松的混合液4 ~ 8 ml，每周1次，可達到良好的治療效果。如果上述治療失敗，腘窩囊腫可以切除。
中國傳統療法
腘窩囊腫患者多合並骨關節炎、軟骨損傷、膝關節遊離體。病變導致腓腸肌內側頭滑液囊開口成為單向閥，關節液只能單向流向滑液囊，難以逆流，從而增加滑液囊積液，形成囊腫。
腘窩囊腫穿刺和開放手術的復發率很高。穿刺抽吸並不能解除腘窩囊腫的病因，復發也不難理解。開放手術失敗的原因可能是術中由於解剖變異和手術技巧的原因，往往難以正確判斷囊腫的開口。有時候連囊壁都無法完全切除。
腘窩囊腫外用中藥膏藥治療。可以根據癥狀來使用。比如骨關節炎引起的，可以同時敷腘窩囊腫和膝關節痛。如果是對癥，2-3天就好了。
西醫治療
兒童和成人的腘窩囊腫有壹些不同。孩子往往不與關節交流，很少有關節內病變，壹般可以自愈。但成人常伴有關節內病變，手術切除囊腫時應同時處理關節內病變，否則容易復發。原則上應切除腘窩囊腫，術前應行關節鏡檢查。大部分可以通過後內側切口或後側切口。術後進行直腿擡高和股四頭肌鍛煉。