吳茱萸用於治療虛寒引起的胃痛。酸脹、幹嘔生津、手腳冰涼苔白、脈遲(如慢性胃炎或潰瘍疼痛)，常與幹姜配伍散寒，黨參益胃陽，如吳茱萸湯。若虛寒加重，幹嘔不止，吳茱萸(炒)、炮姜研末內服或水煎溫服。
吳茱萸的食用禁忌
需要註意的是，大量的吳茱萸會引起視力障礙、錯覺等。
吳茱萸味辛，氣極濁，味苦傷脾，氣可最快排出。如果服用過多，會耗盡人的活力。所以脾虛腸弱的人不能用。如果臨床表現為中氣不足、氣短、腹脹、食少無味或脾虛泄瀉、便溏、肌肉消瘦、脈極細弱等癥狀，則應避免。
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