皰疹性口腔炎的治療主要是控制感染。口服利巴韋林或板藍根顆粒可保持口腔清潔，修復傷口，減輕疼痛。此外，還應適當補充B族維生素。
介紹壹個偏方。雞蛋:將雞蛋打入碗中，攪拌成糊狀。把綠豆放在陶罐裏用冷水泡十幾分鐘，大火煮大約1.5分鐘(時間不長)。此時綠豆未熟，取綠豆水倒入雞蛋花中飲用，每日早晚各壹次，對治療口腔潰瘍有很好的效果。
六神丸:取六神丸1粒(30粒)碾成粉末，再加涼開水2ml浸泡成稀糊狀備用。使用前，先將患者口腔清洗幹凈，然後用細長的棉簽蘸六神丸溶液，塗於潰瘍面。最好飯前1~15分鐘服藥，壹日三次，睡前1次。壹般5分鐘就能達到鎮痛效果。小潰瘍1。2天就能治好，潰瘍面大的5天就能治好。
雲南:白藥用雲南白藥外敷於口腔潰瘍創面，每日2次，壹般2~3天痊愈。