1.胃粘膜保護劑:如硫糖鋁、替普瑞酮、索法酮。避免服用對胃黏膜有害的藥物，如非甾體類藥物、腎上腺皮質類藥物等。
二、抗幽門螺桿菌藥物:如果有幽門螺桿菌感染，必須進行幽門螺桿菌根除治療，包括壹種PPI制劑，如蘭索拉唑，兩種抗生素，壹種鉍制劑。四聯療法用於10-14天。
三、抗膽汁反流藥物:如有膽汁反流，加用抗膽汁反流藥物，如熊去氧膽酸。
四、其他對癥藥物:如有消化不良或運動障礙，可加健胃消食片、多酶片、比特、嗎丁啉、莫沙必利、曲美布汀等。幫助消化，減輕腹部不適和腹脹。如果患者有貧血，可以添加改善貧血的藥物，如甲鈷胺、葉酸等。此外，有些藥物可能對萎縮性胃炎也有幫助，如維生素E、猴頭菇片、復合維生素B、維生素C、莫羅丹、胃復春等。對萎縮性胃炎的治療也有幫助。
總之，萎縮性胃炎沒有特效藥，主要是對癥治療。