(1)皮膚和口咽念珠菌病：皮膚念珠菌感染主要用外用藥物。首選藥物是唑類藥物，如3%克黴唑霜、1%益康唑霜、2%咪康唑霜、2%酮康唑霜、1%聯苯芐唑霜等。前面藥物是較早的藥物，後面是較新藥物，可根據情況選用，每日2次，療程2～3周。除唑類藥外，1%環吡酮胺霜、1%特比萘芬霜也可應用。此外聯苯芐唑和特比萘芬有液體劑型，效力相同，使用較方便；口咽念珠菌病，早期應用2%龍膽紫液塗布，效果尚可，但因染色，病人不願使用，當前多選用口含制黴菌素50萬單位，克黴唑0.25克，酮康唑0.2克，每日1～2次，含化後可以咽下。小兒使用制黴菌素片，每日口含1次，壹般5～7日。如果病情較重可口服或靜脈應用氟康唑，第壹次200毫克，以後每日50～100毫克，連用5日，或口服伊曲康唑，每日200毫克，療程7日。慢性粘膜皮膚念珠菌病，口服酮康唑，兒童每日3～6毫克／千克，長期治療約為1年，要查肝功能，配合轉移因子，口服硫酸鋅。也可應用伊曲康唑，每日3～6毫克／千克，療程3～6個月。
(2)胃腸道念珠菌病：要早期診斷，早期治療。輕癥者口服制黴菌素，每日200～300單位，分4次口服，療程為5～7日。重者可口服或靜脈註射氟康唑，每日200毫克，療程7～10日。非白念珠菌感染可口服伊曲康唑，每日200毫克，10日左右。極重者可靜滴二性黴素B加口服氟胞嘧啶，如合並肝、膽囊念珠菌感染，治療時間要延長壹倍左右；合並細菌感染者，則需使用抗菌藥物，並給予加強支持療法。
(3)泌尿生殖系念珠菌病：急性女陰陰道炎主要用外用藥物治療，制黴菌素軟膏外用，每日2次，5克納入陰道內，約7日。1%克黴唑軟膏、2%咪康唑軟膏、1%聯苯芐唑軟膏均如上應用，約需7日。陰道念珠菌感染用制黴菌素栓、克黴唑栓，每日1次，***7日。但陰道炎目前傾向大量壹次治療，如10%克黴唑軟膏、克黴唑栓(100毫克)或咪康唑栓1200毫克、噻康唑霜5克均壹次即可治愈。每次口服氟康唑150毫克或伊曲康唑400毫克，均可治愈。妊娠時選外用，需14日左右。
慢性復發性女陰陰道炎，常復發，需同時治療基礎性疾病，如糖尿病、免疫抑制等。可口服或靜脈使用氟康唑，每日150毫克，***3日，同時外用抗真菌栓劑，以後每月月經前用藥壹次，或用伊曲康唑，每日400毫克，2～3日，以後每月再用1日。如果同時伴有轉移因子較好。
念珠菌龜頭炎，口服氟康唑100毫克，1次即可。外用藥易引起皮損加重，慎用。念珠菌引起的前尿道炎需用尿道探子塗抹標本、革蘭染色檢查，陽性可每周用氟康唑內服150毫克，2～3周。
泌尿系統念珠菌感染，首選氟康唑每日100～200毫克，口服或靜滴，10日為1療程，監測血肌酐清除率及肝功能。如療效不好，可加5—FC按每日100毫克／千克，經常作尿的真菌學檢查，直至陰性。也可口服伊曲康唑每日200毫克，10日左右。頑固者可靜滴二性黴素B。
(4)呼吸系統念珠菌感染：氟康唑首日400毫克，以後每日200毫克，口服或靜脈註射，20日為1療程，效果不佳可合並口服5－FC，每日100毫克／千克。壹些頑固難治者可以靜滴二性黴素B，小量開始逐漸增加，每日30～40毫克為有效劑量，視病情輕重、真菌學檢查而決定療程。替代療法是靜脈滴註咪康唑或口服伊曲康唑。
(5)內眼念珠菌感染：正常人或新生兒，或術後感染，或免疫力下降而導致感染，應分別對待。口服或靜脈註射氟康唑效果較好，每日200毫克，療程15～20日或更長，球後註射也好，但不如系統性服用好。個別合並手術或激光治療。療效差者用二性黴素B合並5－FC治療，二性黴素B總劑量不少於200毫克。
(6)中樞神經系統念珠菌病：氟康唑每日200～400毫克／千克，口服或靜滴，輕癥者也需1周以上。重癥者可合並5—FC，每日100毫克/千克或再加二性黴素B，小量開始，逐漸達到每日30毫克左右，4～8周或更長時間。早期診斷、早期治療效果較好。腦膿腫或肉芽腫預後較差。
(7)念珠菌性心內膜炎：二性黴素B是首選藥物，配合或不配合外科手術，手術是去除心瓣膜上的贅生物。經常作真菌學監測，如用二性黴素B以40天仍培養陽性，可做手術。二性黴素B使用時可合並5—FC，劑量同前。氟康唑，每日200毫克，3個月至1年，伊康唑200毫曲克，也需3個月～1年，但此兩種藥物尚不足以作為第壹線藥物。近年來有的學者建議可以用氟康唑或伊曲康唑與二性黴素B、5－FC三者合並應用。
(8)播散性念珠菌病：急性播散性念珠菌病，治愈性低，多數原因是病人確診時間較晚，在做出診斷時病人病情已危重，很難挽救。另外，壹些病人並未確診，只是血培養陽性，即使治愈也可能是菌血癥，而不是播散性疾病。抗真菌藥首選二性黴素B，並用5－FC，劑量和療程視病情而定。近年來，靜脈滴註氟康唑，每日200～400毫克，20日為1療程，可能需要更長些時間。伊曲康唑，每日200毫克，20～30日有效，特別對非白念珠菌的念珠菌屬有效。要註意原有存在的疾病。某些白細胞減少病人使用預防用藥，可防止播散發生，預防藥物氟康唑每日50毫克，或伊曲康唑每日100毫克。咪康唑滴註可作為代替的治療方法。
慢性播散性念珠菌病，使用二性黴素B加5—FC，有效率60%以上，但易復發。氟康唑，每日200～400毫克，較長時間治療，要數月，有壹定效果。脂微粒二性黴素B效佳，但由於成本較高，故臨床不多見。