根據2013年3月10日披露的國務院機構改革和職能轉變方案，組建國家食品藥品監督管理總局。保留國務院食品安全委員會，具體工作由國家食品藥品監督管理總局承擔；不再保留國家食品藥品監督管理局和單設的國務院食品安全委員會辦公室。
2014年3月13日，國家食品藥品監管總局發布《關於進壹步加強對超過保質期食品監管工作的通知》，要求加強食品安全監管工作，有效防止和控制食品安全隱患。
2014年8月18日，全國人大代表馬文芳實名舉報食藥監總局副局長吳湞等多名官員，稱河南壹家制藥公司117批合格疫苗因批簽發遭拖延損失近4億元。馬文芳稱，舉報是為國家科技創新去除人為壁壘。
2015年1月13日，食品藥品監管總局在北京召開全國食品生產監管工作會議。會議總結了2014年食品生產監管工作，並部署安排2015年食品生產監管工作任務。會議強調，2015年食品生產監管工作，要堅持法治思維和法治方式，大力推進食品生產監管制度改革創新。
2016年4月9日上午，針對假冒雅培、貝因美商標的嬰幼兒乳粉案件，國務院食品安全辦、國家食藥監局、上海市食安辦在經濟日報社舉辦通報制售冒牌乳粉案調查情況新聞發布會。國務院食安辦督察組組長、國家食品藥品監督管理總局食品監管二司司長馬純良表示，目前涉及到被假冒的品牌只有雅培和貝因美。