火腿腸的腸衣使用的是動物腸衣，其中以豬腸衣和羊腸衣常見。豬腸衣具有很好的彈性和韌性，可容納的填充物體積大，保持火腿腸的形狀。使用豬腸衣是火腿腸制作的傳統方法，許多消費者對豬腸衣制成的火腿腸有壹定的偏好；羊腸衣細薄，彈性差，口感更加細膩，適合制作小型的火腿腸。