非典型肺炎患者通常先出現發熱，腋下體溫常在38℃以上，可伴有寒戰或其他癥狀，如頭痛、全身酸痛和不適、乏力，部分患者在早期，會有輕度的呼吸道癥狀如咳嗽、咽痛等。發病2～7天後，患者會有幹咳、少痰、呼吸困難，少數進展為呼吸窘迫綜合征。實驗室檢查白細胞計數大多正常或降低，肺部X線片顯示出不同程度的肺炎改變。