1、減毒活疫苗
減毒活疫苗是在實驗室內對病原體進行減毒處理，減弱甚至去除其致病性，但保留其生長或復制和引起免疫的能力制成的疫苗。常用減毒活疫苗有卡介苗、麻腮風疫苗、口服脊髓灰質炎疫苗、水痘疫苗等。活疫苗中的病原體在體內可繁殖，免疫效果好，免疫保護時間較長，但對於免疫功能缺陷人群可能存在潛在致病風險。
2、滅活疫苗
滅活疫苗是先對病原體進行培養，再用物理或化學方法將其滅活制成的疫苗。滅活疫苗也稱「死疫苗」，不具有致病和繁殖的能力。常見的滅活疫苗有百白破疫苗、乙腦滅活疫苗、甲肝滅活疫苗、流感滅活疫苗等，滅活疫苗要獲得較好的免疫效果和持久免疫力通常需要多次接種。滅活疫苗對生物安全等生產條件要求很高，生產成本也較高。
3、蛋白亞單位疫苗
亞單位疫苗是指提取或者合成病原體外殼的壹部分具有特征性的蛋白結構來制成的疫苗，和重組疫苗有部分重合。因為只選取了壹部分能引起免疫反應的結構，所以理論上可以減少疫苗引起不良反應的風險，安全性更好。
4、基因工程疫苗
基因工程疫苗是通過基因工程對抗原基因與其他細胞、病毒、質粒重組或將其作為載體，甚至通過技術平臺直接合成基因序列制備的疫苗，包括了病毒載體疫苗、核酸疫苗（DNA疫苗和mRNA疫苗）等。