月餅的餅餡壹般分為軟硬兩種，軟餡中含水分較多，只能保存7至10天左右，而硬餡月餅則可保存1個月左右。因月餅中含脂肪較多，存放時還應註意避光，以防油脂氧化。
月餅要輕拿輕放，尤其是蘇式月餅因皮酥松，最容易破碎。如果餅皮脫落，不僅影響外觀，而且影響口味質量，並且易受潮變質。
月餅含有豐富的油脂和糖分，受熱受潮都極易發黴、變質，所以壹定要將月餅存放在低溫、陰涼、通風的地方。
壹般來說，月餅皮軟、水分大、易變質，最好將月餅連帶包裝盒壹起放入冰箱冷藏室，食前壹小時取出，可保證它的口味。
在25攝氏度的氣溫環境下，杏仁、百果等餡心月餅可存放15天左右，豆沙、蓮蓉、棗泥等餡心月餅存放時間則不宜超過10天。
月餅存放時，不宜與其它食品、雜物放在壹起，以免串味，失去應有的口味和特色。為保證月餅的質量新鮮，購買盒裝月餅或散裝月餅時，均應看清生產日期或出廠日期，以便掌握保存期。
另外，吃剩的月餅別放進冰箱,月餅是用面粉、油、糖和果仁等配料精制，月餅原料中的澱粉在經過焙烤後熟化，並變得柔軟，而在低溫的條件下，熟化了的澱粉會析出水分，變得老化（也就是“返生”），使月餅變硬、口感變差。含油脂、水分較少的月餅品種，比如老北京的自來紅、自來白月餅，變硬現象更為明顯，把它放在冰箱低溫潮濕的環境中，不但會很快變硬，還容易發黴。但對廣式月餅來說，其油脂含量高、面粉少，口味變化會相對小些。
焙烤食品是不宜放入冰箱儲存的，如經過焙烤的糕點。
盡管對於有些品種的月餅來說，
放入冰箱可以延長其保質時間，但還是會影響其風味。