蛋白質組(Proteome)的概念最先由Marc Wilkins提出，指由壹個基因組(Genome)，或壹個細胞、組織表達的所有蛋白質(protein). 蛋白質組的概念與基因組的概念有許多差別，它隨著組織、甚至環境狀態的不同而改變。 在轉錄時，壹個基因可以多種mRNA形式剪接，壹個蛋白質組不是壹個基因組的直接產物，蛋白質組中蛋白質的數目有時可以超過基因組的數目。 蛋白質組學(Proteomics)處於早期“發育”狀態，這個領域的專家否認它是單純的方法學，就像基因組學壹樣，不是壹個封閉的、概念化的穩定的知識體系，而是壹個領域。