筆筒樹原生長於中生代侏羅紀，為當時恐龍的主要食糧；第四紀冰川期基本滅絕。僅在中國南部和東南亞國家部分地區有少量植株殘存。在波蘭、印度、朝鮮和中國內蒙古的侏羅紀地層中發現有其化石。
1982年在中國廈門大學自來水池附近的山溝發現壹株，這是中國大陸對筆筒樹的首次記錄。
2009年福建省福清市三山鎮和沙埔鎮也相繼發現該物種。
2010年11月，福建師大生命科學學院教授劉劍秋與研究生在霞浦縣溪南鎮長興村後山的山坳中新發現了11株筆筒樹，這也是大陸發現最大的筆筒樹種群。
2010年在平潭發現兩株筆筒樹，但是由於保護不力，僅存1株筆筒樹。由於生境不隱蔽，非常容易被人發現，遭到破壞，樹下 及周圍均不見幼苗幼株，如不采取有效措施，大陸分布將會消失。
2015年浙江省溫州市蒼南縣發現兩株筆筒樹。