褪黑素對人體有副作用。褪黑素主要起到改善失眠、多夢、提高睡眠質量，營養神經等作用。壹般情況下，可以長期服用，且副作用比較小。?
褪黑素在體內代謝很快，半衰期只有約十分鐘，吃完幾個小時體內褪黑素水平就和沒吃前壹樣了；
褪黑素是壹種激素，長期、大量、不按規範服用可能會導致內分泌失調；
長期服用褪黑素可能會引起白天嗜睡、頭痛、頭暈等現象。極少數情況下會出現腹部不適、輕度焦慮、易怒、過敏、思維混亂和持續沮喪的情況。
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