壹、藥物治療
1、局部用藥：
（1）止痛藥物：代表藥物有利多卡因凝膠、噴劑、復方苯佐卡因凝膠、芐達明噴霧劑等。將其塗於潰瘍面，僅限在疼痛難忍時使用，以防成癮。擦幹潰瘍面塗於潰瘍處，有迅速麻醉止痛效果。
（2）消炎類藥物：氯己定含漱液、西地碘片等，有抗菌、抗病毒、收斂和消腫、止血作用。
（3）促進愈合藥物：散劑包括口腔潰瘍散、冰硼散、西瓜霜，將其塗於潰瘍面或含漱使用；重組人表皮生長因子凝膠、重組牛堿性成纖維細胞生長因子凝膠，將其塗於潰瘍面。
（4）其他局部藥物：康復新液具有通利血脈、養陰生肌的作用，外用有治療潰瘍的效果。
2、全身用藥：
（1）糖皮質激素及其他免疫抑制劑：常用藥物有潑尼松、環磷酰胺、甲氨蝶呤、硫唑嘌呤。糖皮質激素具有抗感染、抗過敏、減少炎性滲出、抑制組胺釋放等作用，但長期大量使用可出現向心性肥胖、血壓血糖升高等不良反應。免疫抑制劑具有抗感染作用，但長期大量使用有骨髓抑制、腎功能損害、粒細胞減少等不良反應。壹般用藥在2周之內，最長不超過4~6周。
（2）免疫增強劑：包括左旋咪唑、沙利度胺、轉移因子、胸腺素等，此類藥物具有增強細胞免疫功能，對本品過敏者禁用。
（3）維生素：包括維生素C片、維生素B族片等，此類藥物可對機體缺乏的維生素進行補充。
（4）其他：應用奧美拉唑等治療胃潰瘍，應用谷維素、安神補心丸等穩定情緒、減少失眠。
二、物理治療
激光照射可幫助黏膜再生，降低炎癥反應，促進潰瘍的愈合。
三、中醫治療
口腔潰瘍可根據中藥理論進行辨證治療。
1、脾胃伏火型：宜清熱瀉火、涼血通便。中藥方劑用涼膈散、清胃散、玉女煎等加減。
2、心火上炎型：宜清心降火、涼血利尿。中藥方劑用導赤散、瀉心湯、小薊子飲等加減。
3、肝郁蘊熱型：宜清肝瀉火、理氣涼血。中藥方劑用龍膽瀉肝湯、小柴胡湯等加減。
4、陰虛火旺型：宜滋陰清熱。中藥方劑用六味地黃湯、杞菊地黃湯、甘露飲等加減。
5、脾虛濕困型：宜健脾化濕。中藥方劑用健脾勝濕湯、五苓散、平胃散等加減。
6、氣血兩虛型：宜氣血雙補。中藥方劑用補中益氣湯、參苓白術散等加減。