1、科學不同。人體結構學是研究人體形態結構，發生發展及其與功能關系的科學，屬於生物科學中的形態學範疇。人體解剖學是研究正常人體各部分形態、結構、位置、毗鄰及結構與功能關系的科學。
2、內容不同。人體結構學其任務是通過教學使學生掌握人體各器官的位置、形態結構和重要毗鄰關系的知識，在此基礎上正確理解人體的生理功能和病理變化，使學生具備判斷人體器官正常與異常的能力，為學習其他基礎醫學課程以及臨床醫學課程奠定必要的形態學基礎。人體解剖學分為大體解剖學和顯微解剖學兩部分。大體解剖學是借助解剖器械切割屍體的方法，用肉眼觀察人體各器官、系統的形態和結構的科學。顯微解剖學可分為細胞學和組織學。顯微解剖學必須借助光學顯微鏡或電子顯微鏡的放大作用研究人體的微細結構。