其次在DNA轉錄成mRNA的過程中，剛合成出的產物hnRNA被剪切後才形成成熟的mRNA。成熟的mRNA翻譯成蛋白。由此就就可以知道DNA序列和成熟的mRNA不是壹壹對應的，因此，知道的DNA序列，並不代表知道了蛋白質序列。
最後，不同種生物存在密碼子偏好性，對於密碼子的翻譯不壹定相同，因此知道的DNA序列，並不代表知道了蛋白質序列。