淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎既然兩者命名不同，說明也是有很大區別的。這兩種尿道炎只有壹種的致病菌是淋球菌。壹般而言支原體感染是最常見的壹種非淋菌性尿道炎。從癥狀上來看，淋菌性尿道炎都伴有膿性分泌物，另壹種則沒有。
臨床表現不同：淋菌性尿道炎癥狀較重，尿頻、尿急、尿痛比較強烈，尿道口較潮紅，膿液較多，黃而黏稠。非淋菌性尿道炎癥狀較輕，尿頻、尿急、尿痛輕微，尿道口微紅，膿液稀薄，甚至無癥狀。