分辨率最高的電泳是變性聚丙烯酰胺凝膠電泳。
聚丙烯酰胺凝膠電泳，這是壹種用聚丙烯酰胺凝膠作支持介質的常用的電泳技術。它常常用來分離寡合苷酸以及蛋白質。它常作為陰離子的去汙劑，能夠作為助溶試劑和變形劑。在濃縮膠的作用裏面經常提到堆積的作用。濃度比較小的時候，孔徑就會比較大，
作用原理：聚丙烯酰胺凝膠為網狀結構，具有分子篩效應。它有兩種形式：非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳（Native-PAGE)和SDS-聚丙烯酰胺凝膠（SDS-PAGE)。
非變性聚丙烯酰胺凝膠，在電泳的過程中，蛋白質能夠保持完整狀態，並依據蛋白質的分子量大小、蛋白質的形狀及其所附帶的電荷量而逐漸呈梯度分開。
而SDS-PAGE僅根據蛋白質亞基分子量的不同就可以分開蛋白質。該技術最初由shapiro於1967年建立，他們發現在樣品介質和丙烯酰胺凝膠中加入離子去汙劑和強還原劑（SDS即十二烷基硫酸鈉）後，蛋白質亞基的電泳遷移率主要取決於亞基分子量的大小。
作用：
SDS是陰離子去汙劑，作為變性劑和助溶試劑，它能斷裂分子內和分子間的氫鍵，使分子去折疊，破壞蛋白分子的二、三級結構。而強還原劑如巰基乙醇，二硫蘇糖醇能使半胱氨酸殘基間的二硫鍵斷裂。
在樣品和凝膠中加入還原劑和SDS後，分子被解聚成多肽鏈，解聚後的氨基酸側鏈和SDS結合成蛋白-SDS膠束，所帶的負電荷大大超過了蛋白原有的電荷量，這樣就消除了不同分子間的電荷差異和結構差異。
SDS-PAGE壹般采用的是不連續緩沖系統，與連續緩沖系統相比，能夠有較高的分辨率。
濃縮膠的作用是有堆積作用，凝膠濃度較小，孔徑較大，把較稀的樣品加在濃縮膠上，經過大孔徑凝膠的遷移作用而被濃縮至壹個狹窄的區帶。當樣品液和濃縮膠選TRIS/HCI緩沖液，電極液選TRIS/甘氨酸。
電泳開始後，HCI解離成氯離子，甘氨酸解離出少量的甘氨酸根離子。蛋白質帶負電荷，因此壹起向正極移動，其中氯離子最快，甘氨酸根離子最慢，蛋白居中。