最早可追溯到2000多年前的中國，水蛭就開始被用來治病。《神農本草經》中記錄，“螞蝗主逐惡血、瘀血，破血瘕積聚”，螞蝗就是水蛭的小名。明代神醫李時珍也認為，幹燥的蛭類含有蛭素、肝素等，有通血、通經、消積散結、消腫解毒的功能。水蛭最早被用於治病還是符合藥理學的。
來自於動物學家薩烏葉爾著作中的記載，是用活生生的水蛭作為治療手段最久遠的證明：2000多年以前，印度就有人利用歐洲水蛭吸去病人體內的淤血，包括處理毒蛇咬傷、燒傷以及眼科疾病。
從1820年到1845年，對於歐洲醫蛭的應用達到了頂點。壹位法國外科醫生認為：所有的疾病都可以歸因於腸胃炎，而醫治這種疾病的藥方是饑餓、放血和醫蛭。他推薦了30種水蛭作為醫蛭，專門用來吸血。肥胖癥、流行感冒、哮喘病、惡心、肺結核、痢疾以及便秘，人們對於所有的疾病幾乎都想用歐洲醫蛭來治療。在當時出版的冊子上曾介紹過壹位名叫格拉斯的大夫，壹次就使用80條醫蛭替人治病。在這樣瘋狂的使用下，許多病人在治療過程中由於失血過多而處於昏迷狀態。但在多數情況下，醫蛭還是對炎癥和疼痛起到壹定的抑制作用。
在歐洲醫蛭被廣泛應用的年代，僅僅是巴黎的醫院每年就需要600萬只醫蛭。在自然界也有這樣的場景出現：年輕的女孩們到湖中或者池塘中去捕捉水蛭。也有許多人將馬匹趕到河中，其目的僅僅是能夠大量吸引水蛭。而許多馬匹都因此流血死亡。
德國甚至由此帶動了這方面貿易的繁榮。由於能夠醫用的蛭類在美洲遠遠少於在歐洲的數量，19世紀，大批量的歐洲醫蛭從漢堡被運往美國。結果，1900年歐洲醫蛭在德國幾乎絕跡。今天也僅僅是幾個地方有它們出沒的影子。
其到20世紀80年代初，隨著再植技術和顯微外科的發展，西醫內外科都采用活體水蛭吸血法來為病人療傷，水蛭更成了醫生的得力助手。
在斷肢再植手術中，主動脈壹旦縫合成功，血液就可流入人體組織，然後面臨的即是恢復靜脈機能，以便使血液能夠進入循環系統，否則手指就會因淤血而腫脹，直至壞死。
以往再植手術中若出現局部瘀血、腫脹問題，都會令醫生費上壹番周折，還可能各種方法用盡，也很難奏效，導致手術失敗。而有了水蛭助手後，在這類手術中，醫生就會把活體水蛭放在手術的傷口處，不用任何命令，它們就會全力以赴，將傷口處的汙血吸得壹幹二凈。同時，水蛭唾液中的天然水蛭素也會大展威力，擴張血管，阻止血栓的形成，促進靜脈系統的恢復，使靜脈血管瞬間通暢，大大提高手術成功率。而且不用擔心由此會引發感染，因為水蛭唾液中含有的特殊防腐劑本身就能夠預防傷口感染。在吸血時分泌的化學物質又能刺激傷口增加對植體的血流量，防止新肢因缺乏新鮮血液而壞死。
1987年，中國科學院水生動物研究所水蛭課題組與湖北醫學附屬第三醫院骨科協作，在我國首先應用醫蛭治療斷指再植術後瘀血，取得了巨大成功，此後多家醫院都開始引入水蛭療法，水蛭多次出現在再植或移植手指、腳趾、耳朵、鼻子等手術中，至今已成功了無數例。
近年來，隨著水蛭名氣的增大，整形外科也出現了水蛭的身影。醫生們利用水蛭消除手術後血管閉塞區的瘀血，減少壞死發生，以此提高組織移植和隆胸等手術的成功率。