主要有根頭癌腫病和根頸腐爛病。
①櫻桃根頭癌腫病
主要發生在接穗和砧木的接合處，有時也發生在粗側根部位。發病初期，被害處呈灰白色瘤狀物，內部組織特軟，表面粗糙，瘤體不斷增大，表面由白色變為褐色，表層細胞枯死，內部木質化。有時在癌腫瘤周圍表面生出壹些細根。癌瘤大小不同，壹、二年生的苗木，大的直徑5—6厘米，小的似核桃。癌瘤多為球形或扁球形。此病會造成櫻桃地下根系發育不良，地上生長變弱，樹齡縮短。
防治方法
A.選擇根系發達、抗病力強的砧木。馬哈利酸櫻桃砧木發病最輕（1.3%），其次是中國櫻桃砧木（10%），實生甜櫻桃發病最重（壹般30%—50%）。
B.發現有病苗木或大樹，堅決燒掉。可疑苗木，用石灰乳浸20分鐘，發病地塊多施石灰。避免在舊苗木地作苗圃。
C.早期發現病瘤，及時刮除，用3%DT膠懸液琥珀酸銅300倍液或波美5度石硫合劑消毒，保護傷口。刮下的病瘤應立即燒毀。
D.對外運苗木應嚴格檢疫和消毒。
E.建園時選擇中性或酸性土壤。因為微堿性土壤容易發病。
②根頸腐爛病
多發生在5至15年生樹木上。病菌從小根和根頸部的傷口侵入向根頸蔓延，病部出現水浸狀褐色病斑，病斑使根頸埋在土壤裏的表皮組織受破壞，出現潰爛，時間壹久，蔓延擴大，形成層腐爛，導致地上部分生長變弱，花量變多，坐果率變低，果實變小，樹木逐漸死亡。
防治方法
A.加強對金龜子的防治，減輕幼蟲對根系的破壞，以減少病菌的侵染機會。
B.每年最少普查壹次，發現病株及時刮治，並用5度石硫合劑消毒。如發現發病較重株，應通過接根以恢復地上部生長，根接時間4月中下旬至5月為宜。