因為孕婦用藥後，藥物可從血漿通過胎盤影響胎兒。由於胎兒器官發育未全，對藥物分解、解毒能力很差，排泄緩慢，再加上發育中的胎兒敏感性強，尤其是妊娠頭三個月胎兒最容易受影響。在懷孕期間對以下有致畸作用的藥應禁用，如冬眠靈、奮乃靜、苯巴比妥、氯氮卓（利眠寧）、甲丙氨酯（眠爾通）等鎮靜安眠藥，都能引起胎兒畸形；甲氨蝶呤、白消安、苯丁酸氮芥、環磷酰胺等抗癌藥，也可導致胎兒畸形；己烯雌酚、睪酮、孕酮、可的松等激素類藥，也能致畸。如己烯雌酚可引起胎兒內臟畸形和腦積水，生殖腺癌，使男胎女性化，使後代永久性不育，口服避孕藥也可引起胎兒先天性心臟病；甲苯磺丁脲、氯磺丙脲等降糖藥，可導致胎兒多發性畸形，四環素類抗生素，服用後可通過胎盤進入胎兒體內，不但能造成四環素牙，還能抑制胎兒蛋白質合成，使胎兒手指和肢體短小醫學|教育網整理，還能導致先天性白內障甚致死胎。另外，應用抗過敏的敏克靜，抗癲癇的苯妥英鈉和樸癇酮，抗凝血的雙香豆素和芐丙酮雙香豆素，抗瘧疾藥氯喹，乙胺嘧啶和奎寧，縮瞳藥毛果蕓香堿，擬腎上腺素類藥麻黃素和鼻眼凈，興奮藥咪嗪和苯丙胺等，都可導致胎兒畸形。