木瓜果肉中含有的番木瓜堿具有緩解痙攣疼痛的作用，常可以用來治療濕盛引起的關節酸痛、經脈拘攣、頸項強痛等病癥。另外，木瓜自古就是舒經活絡的重要藥物，它善於治療經氣不行、血脈不和引起的腰膝酸軟、手足麻木、拘攣疼痛等不適。
木瓜中的凝乳酶有通乳作用，將木瓜、花生和紅棗與適量的水放入鍋內，加入片糖，待水滾開後用小火煲2小時。便成為美味又有效的通乳飲料。部分婦女在產後因乳汁不足，哺育寶寶時會產生缺少乳汁的問題，這時飲用壹些木瓜花生紅棗湯，對增加乳汁有明顯的效果。
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