用種子繁殖的實生棗樹，其根系與地上部是相適應的，有主根和側根兩種。而用根蘗繁殖的棗樹，其根系為莖源根系，可分為水平根、垂直根、側根和細根等四種。其水平根十分發達，由水平根和垂直根構成了根系的骨架，所以稱為骨幹根。在骨幹根上，可發生側根，經過多次分枝形成側生根群（又叫單位根），在側生根群上，又發生許多細根。
（1）水平根。棗樹水平根的延伸能力很強，可達樹冠直徑的3～6倍，分布比較遠，但其分枝力卻較弱，多呈二叉分枝，分枝角度小，其上著生細根也少。水平根多分布在15～30厘米的淺層土壤裏，50厘米以下很少。水平根的作用主要是擴大根系範圍，萌生根蘗苗木，吸收土壤表層的營養和水分。
（2）垂直根。垂直根由水平根向下分枝而成，生長力比水平根系弱，壹般為樹高的1/2，約1～4米，主要根系分布在樹冠下面，約占總根系的1/2左右。它的垂直分布與土質、品種有關。壹般粉質土根系較淺，沙壤土根系分布較深；大棗型的品種根系分布較深，小棗型的品種根系分布較淺。例如：交城駿棗，垂直根可分布在2～3米深的土壤層，而稷山板棗則多分布在1～2米深的土層中。此外，垂直根的分布與土壤的管理也有密切的關系。垂直根系的主要作用是：固定樹體，吸收土壤深層的養分、水分。
（3）側根。側根主要由水平根的多次分枝形成，也有的分生在垂直根上。其延伸能力較弱，但分生能力很強，因而形成了側生根群。有的分生細根的基軸處還形成根蘗腦，萌生根蘗，培養棗苗。由於根蘗的生長會爭奪母體養分，所以若不進行育苗，當及早除去。
（4）細根。細根多著生在側根上，其粗度約1～2毫米，長度30厘米左右，壽命很短，有自疏現象，能進行周期性的更新，是棗根主要的吸收根系。它對土壤的肥水狀況十分敏感，在肥水足、通氣好的情況下，生長迅速，分枝多，但遇旱、遇澇則易死亡。壹個細根通常生長30～40天，適宜條件下可達20～30厘米長。因此，不斷地改良土壤，增加土壤有機質，合理施肥、灌水，促進細根生長發育，是擴大根系營養面積，增強樹勢的根本措施。