生殖器皰疹多年治療非常容易復發，所以如果患者壹旦再次出現生殖器皰疹的前期癥狀表現，比如再次出現皰疹，或者是局部感覺異常，要立即開始治療，治療和初發時選擇的藥物是壹樣的。對於頻繁發作的生殖器皰疹患者要連續口服抗病毒藥物半年到壹年左右。
生殖器皰疹的治療的方法包括：1、保持充足睡眠、清淡飲食和避免熬夜，且禁止性生活；2。局部用藥治療：患者可使用阿昔洛韋軟膏等藥物。3、口服泛昔洛韋等藥物治療。4、患者可使用藥物如轉移因子等提高抵抗力，預防生殖器皰疹疾病復發。
生殖皰疹治療，首先建議采用抗病毒治療。可口服阿昔洛韋、泛昔洛韋，輔以幹擾素治療生殖器皰疹。如不破潰，可用爐甘石洗劑擦洗，可有效止癢。如有破潰，可用阿昔洛韋軟膏或抗生素軟膏塗擦。維持局部幹燥衛生，換上內褲後用熱水煮開，曬幹後再穿。