1.糾正排便異常
便秘是肛裂的主要癥狀之壹，也是肛裂形成的主要原因，可通過增加膳食纖維食物或藥物補充維生素等方法軟化大便，保持大便通暢。大便秘結可加用潤腸通便藥物，服用益生菌類。
2.清潔肛門，坐浴
排便後或睡前用1:5000的高錳酸鉀溫水坐浴，保持局部清潔。
3.局部藥物治療
（1）止痛類 麻醉藥（如利多卡因凝膠）、非甾體類抗炎藥物（如雙氯芬酸乳膏、布洛芬乳膏等）可以減輕疼痛癥狀。
（2）促裂口愈合類 痔瘡膏、重組人表皮生長因子等。
（3）硝酸甘油膏局部塗抹 用0.2%硝酸甘油膏塗於肛裂處，2次/d，聯用5～8周，該藥具有抑制神經遞質而起松弛平滑肌、擴張血管的作用，可使內括約肌松弛，肛管壓力下降，改善局部血液循環。
（3）肉毒桿菌毒素局部註射 小劑量毒素有弱化內括約肌張力的作用。在肛裂旁經外括約肌註入0.1ml稀釋的肉毒桿菌毒素，導致化學性去神經作用及局部肌肉麻痹，從而降低肌肉的緊張度。
4.擴肛
適用於急性或慢性肛裂不並發乳頭肥大及前哨痔者。用手指或器械（可以用肛腸科常用的喇叭口肛門鏡）擴張肛門，對緩解肛門劇痛有壹定效果，但會復發，且可並發肛門血腫、出血、短時間內肛門失禁等不良反應。
5.手術治療
適用於有肛裂三聯征或非手術治療無效的慢性肛裂者，常用的術式有肛裂切除術和側位內括約肌切斷術。