1、壹般不良反應
百日咳疫苗即為百白破疫苗，百白破疫苗接種的壹般反應，主要來自百日咳所含的菌體成分。
1、接種未吸附疫苗12-24小時，局部可有紅腫、疼痛、發癢，個別人註射後註射側腋下淋巴結腫大。
2、接種含有吸附劑的疫苗，註射局部可形成硬結或無菌性膿腫。偶見皮疹及血管神經性水腫。
3、全身反應主要是出現微熱，尤其是接種未吸附疫苗更為常見，但接種後48小時可恢復正常。在發熱的同時還可伴有倦怠、嗜睡、煩躁不安等短暫癥狀。
2、神經系統異常反應
(1)神經炎
多發生於接種後的5～7天或兩周左右，甚至更長時間，表現為肢體麻木、疼痛，腱反射減弱或消失，嚴重者可出現肌肉萎縮、麻痹等癥狀，常出現面神經麻痹，口角歪斜。
(2)腦病
多發生於接種後的3天內，有抽搐、痙攣、驚厥、昏睡或異常嚎叫等癥狀，但大多可恢復，極個別患者可留有永久性的損害，如出現肢體肌肉萎縮和麻痹、精神遲鈍或癲癇樣發作。
(3)變態反應性腦脊髓炎
多發生於接種後的1～4周，平均為10天左右。表現為突然發病、四肢酸痛、手足發麻，並可伴有發熱、煩躁不安、嗜睡、嘔吐、抽搐，以後出現反射改變、偏癱、腦神經麻痹，如脊髓受損，會出現肢體癱瘓，有的可有神誌昏迷等腦膜刺激癥狀。大部分患者病情發展較快，急性期過後可逐漸緩解，個別人會留有後遺癥。
(4)皮疹
壹般於接種疫苗後數小時或數天內出現，皮疹的形態可有多樣，常見的有蕁麻疹，類似麻疹、猩紅熱樣皮疹，滲出性丘疹，水皰樣多形疹，出血疹或紫癜等，可為全身性或局限性，出疹時可伴有發熱、全身不適等癥狀。對於皮疹的治療，主要是抗過敏，必要時可用激素治療。
(5)過敏性休克
接種疫苗後數分鐘或1小時內突然發生面色蒼白、冷汗淋漓、四肢厥冷、血壓下降、頭暈、頭痛、呼吸困難，甚至出現昏厥、紫紺，倘若不及時搶救，可導致死亡。因此，人們對此必須加以警惕，壹旦出現休克，應立即讓患者平臥，送醫就診。
(6)低張力低應答反應
這是百白破疫苗註射後的壹種比較少見的並發癥，常發生在2～8個月的嬰兒中，壹般在接種後10小時內出現。其表現為面色蒼白、昏睡、煩躁、厭食，大多可自行恢復，約有0.2%的兒童可出現突然虛脫、持續尖叫，明顯的神經系統變化，甚至死亡。其發生的原因可能與過敏或低血糖有關。
(7)血管神經性水腫
常發生於接種後的1～3天內，註射局部出現紅腫，皮膚因腫脹而發亮，嚴重者可擴展到整個上臂。對於這種情況主要采用抗過敏治療。
3、異常反應發生率低
百白破疫苗接種後的異常反應，也主要與疫苗中的百日咳成分有關。極個別可能發生過敏反應，或驚厥、抽搐、尖聲哭叫等神經系統並發癥，但是這類異常反應的發生率極低，並不影響免疫接種方針的推行。
4、哪些人不能打
1、有癲癇、神經系統疾患及抽風史患者禁止打百日咳疫苗。
2、急性傳染病(包括恢復期)及發熱者暫緩註射百日咳疫苗。
3、百日咳疫苗為兒童免疫制劑，成年人不可使用。
5、如何避免並發癥
1、積極治療。幼兒患有百日咳後要積極使用抗生素進行治療，能夠減少出現並發癥的幾率。
2、細心護理。百日咳發燒、咳嗽卡痰、繼發感染等因素都有可能導致並發癥，因此在對於患兒的護理上也要非常用心。
3、註意飲食。百日咳患兒的食物要求幹、軟易消化，要少量多餐，隨時補充。忌食生冷、辛辣、肥甘等食品。
4、出現並發癥及時治療。有時候即便做好了治療、護理工作，卻仍然發生了並發癥，那就要積極治療並發癥，以免留下後遺癥。