1、沌口校區：位於荊州市沌口開發區，占地面積約2200畝，這是長江大學的主要校區，設有大部分的學院和教學樓，包括人文學院、工學院、信息學院、外國語學院等，
2、孝感校區：位於湖北省孝感市沮水湖畔，占地面積約800畝，這是長江大學的第二個校區，主要包括醫學院、管理學院、經濟學院等學院和相應的教學樓、實驗室等，
3、荊州醫學院校區：位於荊州市東郊的荊州醫學院，原為荊州醫學院獨立，現已合並入長江大學，這個校區主要包括醫學院的教學樓、實驗室、醫院等。