大豆異黃酮主要分布於大豆種子的子葉和胚軸中，種皮中含量極少。80%～90%異黃酮存在於子葉中，濃度為0.1%～0.3%。胚軸中所含異黃酮種類較多且濃度較高，為1%～2%，但由於胚芽只占種子總重量的2%，因此盡管濃度很高，所占比例卻較少（10%～20%）。
目前發現的大豆中異黃酮***有12種，分為遊離型的甙元和結合型的糖甙兩類，甙元占總量的2%～3%，包括金雀異黃素、大豆苷和黃豆素。糖甙占總量的97%～98%，主要以金雀異黃甙（染料木甙）和大豆甙及丙二酰金雀異黃甙和丙二酰大豆甙形式存在，約占總量的95%。
大豆異黃酮的生理功能：
（1）抗癌功能
異黃酮的抗酸化能力，表現在抑制活性酶（如酪氨酸蛋白激酶的活性）上，從而可控制多種癌癥（乳癌、腸癌、子宮癌、前列腺癌等）的發展。
（2）植物雌激素與抗雌激素物質的作用
大豆異黃酮具有類似雌激素結構，故稱為植物雌激素。大豆異黃酮可以緩解婦女更年期綜合癥。
（3）防骨質疏松
大豆異黃酮能改善婦女更年期障礙和骨質疏松癥，服用大豆異黃酮制品增加激素分泌量，病癥可逐漸消失。
（4）防止心血管疾病
大豆異黃酮具有抗酸化能力，能增強心肌收縮力，增加冠狀動脈血流量，對心臟病的危害有良好的預防效果，異黃酮可降低體內膽固醇和脂肪量，並能影響脂肪代謝，防止高血壓，預防心血管疾病發生。
（5）其他功能
除上述功能、作用外，大豆異黃酮還有抗氧化作用。異黃酮具有抗真菌性從而抑制真菌活性的功能。最近日本正研究，通過大豆異黃酮具有雌激素調節作用，改善婦女皮膚，美容並對糖尿病及其並發癥、腎肝疾病、牙周炎等的預防和治療功效。