2、癥狀不同。扁平疣發病比較突然，皮損主要發生在臉部、手背等部位，表現為扁平丘疹，表面比較光滑，有輕微的隆起現象。患者通常沒有自覺癥狀，部分患者會感覺到輕微的瘙癢。扁平疣是慢性疾病，能夠持續多年，可自行好轉。毛囊炎的癥狀從丘疹、毛囊性膿皰瘡開始，皮損會迅速發展為丘疹性膿皰，炎癥明顯，然後結痂。毛囊炎可反復發作，久治不愈，可發展為深層感染。
3、治療不同。扁平疣可使用維a酸軟膏、咪喹莫特軟膏等外用藥物，病情嚴重的患者可以服用異維a酸膠囊。毛囊炎可使用抗生素藥物進行治療，如果病情反復發作，可使用自家菌苗。