可透過以下2種方式清理：
1.漱口
鹽水漱口可以緩解喉嚨不適，並且鹽水會改變口腔內的化學物質，可幫助去除結石以及改善口腔異味。
2.手動移除
壹般不建議患者用牙刷等硬物去除，因為扁桃體周圍組織非常脆弱，如果真的需要自行嘗試去除結石，可使用棉花棒輕輕將結石刮除。
扁桃體結石的預防方式包括以下3條：
1.多喝水
口腔幹燥時，隱窩容易殘留異物，多喝水能幫助清除口腔內細菌並改善異味。
2.口腔清潔
吃完東西後務必漱口，將口腔內的細菌清除就能避免結石。
3.預防胃食管反流
胃食管反流也可能是結石的成因之壹，因此少吃刺激性食物、避免腹部過大的壓力（少穿太緊衣服、減肥）、吃完東西別立刻躺下以及睡前3小時不吃東西都有助於預防胃食管反流。